В феврале 1992 года в городе Yonkers (штат Нью-Йорк) школьные товарищи вокалист Danny Nelson и гитарист Javier Velez образовали группу CARCINOGEN, потом переименованную в Malignancy. Первая репетиция состоялась на День Святого Валентина. Третьим участником стал барабанщик Kevin Chamberlan. После сочинения нескольких песен музыканты сообща решили переработать их в брутальном духе, но этим занялся уже новый состав, в который помимо двух основателей вошли Frank Madaio (бас) и John Marzan (барабаны). За короткий промежуток времени до первой записи в Malignancy успели побывать два вторых гитариста.
Наконец в апреле 1993 года группа произвела трёхпесенное демо «Eaten Out From Within». С его выходом начались выступления, на первых порах с хардкоровыми, а затем с death metal бандами. Продолжающиеся пертурбации состава тормозили творческий процесс, так всё время приходилось сыгрываться.
В 1994-м Malignancy записала в живую на студии песню «Rotten Seed» с очередным вторым гитаристом Ralph’ом Blanco.
Более стабильный состав сформировался в 1995 году. Danny Nelson продолжил один с таким пополнением: остающийся поныне гитарист Ron Kachnic, басист Kevin Hughes и сам Roger J. Beaujard (гитарист MORTICIAN) за барабанами! В январе 1996-го они отметились на репетиционном демо. В том же году к Malignancy присоединился второй гитарист Lance Snyder. Стиль группы трансформировался с основания от обычного death до технически и музыкально навороченного безжалостного брутального death' а.
Следующее четырёхпесенное демо «Ignorance Is Bliss» (1997) позволило Malignancy громко заявить о себе и подписаться на United Guttural Records. Lance вскоре ушёл. На этом демо, как и на включившем его промо-1998, уже играл басит Desmond Tollhurst, которого Roger привлёк и в MORTICIAN.
Весной 1999 года United Guttural издал дебютный альбом Malignancy «Intrauterine Cannibalism», поддержанный серией летних концертов. Параллельно группа сочиняла новый материал. Он вышел уже летом 2000-го в виде мини-альбома «Motivated By Hunger». Malignancy отыграла американский тур вместе с MORTICIAN и в августе была приглашена на чешский фестиваль Brutal Assault 2000. Сразу после него из группы свалил Desmond, а басистом стал вернувшийся бывший гитарист Lance Snyder. Устроитель Brutal Assault лэйбл Shindy Productions предложил Malignancy проучаствовать в сплите с INTERVALLE BIZZARE вместо развалившейся DEVOURMENT. На очередных гастролях с MORTICIAN в конце 2002-го Ron Kachnic выполнял роль гитариста обеих групп, а Roger J. Beaujard барабанщика. Чешский сплит вышел в 2002 году. Для него Malignancy записала две новые песни и за неимением времени переписала три старых с дебютного альбома, звучанием которых не была удовлетворена. За год до этого, в начале 2001-го, Roger выпустил на своём Primitive Recordings CD-сборник «Ignorance Is Bliss», состоящий из ремастированных демо-1993 и промо-1998.
В мае 2002-го Malignancy совершила тур по шести европейским странам вместе с чехами GODLESS TRUTH с заездом на фестиваль Fuck The Commerce V. В конце года группа начала запись солидного (7 песен) мини-альбома «Cross Species Transmutation», изданного United Guttural в июле 2003-го. Сразу после записи Roger J. Beaujard прекратил сотрудничество с Malignancy. Конкурс «ищем барабанщика» выиграл Mike Heller (с 2005-го также драммер KALOPSIA). Опять много времени ушло на разучивание с ним старого материала и налаживание творческого процесса.
Новый барабанщик дебютировал (не считая одного концерта) на Maryland Deathfest 2003. После этого концертная активность Malignancy восстановила обороты - второе появление на Milwaukee Metalfest в конце июля, локальные концерты в августе, сентябрьский тур с EXHUMED и KATAKLYSM, New Jersey Metal / Hardcore Festival в ноябре.
В начале 2004 года Malignancy принялась за сочинение второго альбома. Концертов было меньше, но в мае группа вернулась на Maryland Deathfest. Не дожидаясь печального конца United Guttural Records (как известно, проданного в ноябре 2005-го Deathgasm Records), Malignancy озадачилась поиском нового лэйбла. В середине 2005 года было сделано «Promo 2005» с тремя свежими песнями. Работа над ним закончилась к европейскому туру с DESPONDENCY и WORMED в сентябре-октябре, стартовавшему на NRW Deathfest 2005. Переговоры с Willowtip Records закончились подписанием контракта летом 2006 года. В июне Malignancy выступила на Central Illinois Metalfest 2006. Запись альбома «Inhuman Grotesqueries» должна была начаться в Коннектикуте в августе 2006-го сразу по возвращению с мексиканского The Fist Fuck Family Fest III, на она продвигалась очень медленно из-за множества задержек, перехода на собственную студию и закончилась только в мае 2007-го.
В июле Malignancy съездила в Канаду и снова зажгла на Central Illinois Metalfest 2007.
